Entomologická zbierka Múzea Andreja Kmeťa obsahuje všetkých zástupcov všetkých radov zijúcich na Slovensku. Prevažnú časť 70% tvorí dipterologická zbierka v ktorej je 2960 druhov, ďalej chrobáky, blanokrídlovce, motýle, rovnokrídlovce a vážky predstavujú 25% a zbytok tvoria ostávajúce skupiny hmyzu. Zbierky sú najmä dokladovým materiálom z výskumných úloh kustóda entomologickej zbierky, získané predovšetkým vlastným zberom, v menšej miere darom a kúpou. Prevažná časť zbierkového fondu bola taktiež literárne spracovaná. Prevažná časť dipterologickej zbierky, zbierky vážok a rovnokrídleho hmyzu sú liehovým matreriálom, zbytok je preparovaný na sucho. V dokladovom materiáli je časť dvojkrídlovcov a blanokrídlovcov paratypový materiál. Z najzaujímavejších zbierok treba uviesť takmer kompletnú zbierku chrobákov Vladimíra Rakšániho, bohatú zbierku blanokrídleho hmyzu zo zbierok Dr. Pádra a Ing. Kocourka, ktorá obsahuje 1600 druhov. V zbierke je kompletná fauna radu Ephemeroptera a Thysanura Slovenska. V dipterologickom materiáli je čast žbierok z Himaláji, Ďalekého Východu SSSR, Kaukazu, z čoho časť je typový materiál. Z historických zbierok treba uviesť entomologickú zbierku motýľov Ivana Zbíňovského získaná múzeom v roku 1923, pričom ide okrem európskych druhov i o exotické druhy z jeho cist po Južnej Amerike a Východnej Ázii. Celý zbierkový fond je determinovaný a môže slúžiť špecialistom ako porovnávací materiál i študentom ako dokladový materiál pri štúdiu určitých častí Slovenska.